Το Μεταφορικό ισοδύναμο έχει να κάνει με το κόστος μεταφοράς επιβατών και εμπορευμάτων με μέσα θαλάσσιας μεταφοράς και το εξισώνει με το κόστος που θα ίσχυε στα μέσα χερσαίας μεταφοράς.
Οι δικαιούχοι μόνιμοι κάτοικοι των νησιών μπορούν να κάνουν χρήση του ΜΑΝ (Μοναδικός Αριθμός Νησιώτη) κατά την έκδοση των εισιτηρίων τους, για να χρηματοδοτηθούν με τη διαφορά του κόστους μεταφοράς (ΑΝΗΚΟ).
Οι δικαιούχες επιχειρήσεις με έδρα τα νησιά μπορούν να εγγραφούν στη δράση και να υποβάλουν αιτήματα για τη χρηματοδότηση της μεταφοράς των εμπορευμάτων τους από και προς τα νησιά.
Η θέσπιση του Μεταφορικού Ισοδύναμο για τους μόνιμους κατοίκους των νησιών, από την προηγούμενη κυβέρνηση, ικανοποίησε ένα πάγιο αίτημα των νησιωτικών κοινωνιών για εξίσωση του κόστους μεταφοράς με μέσα μαζικής μεταφοράς από την ηπειρωτική Ελλάδα σε νησί ή από νησί σε νησί με το κόστος που θα ίσχυε στην ηπειρωτική Ελλάδα για την ίδια απόσταση.
Όσον αφορά την πληρωμή, έχει γίνει μόνο του πρώτου τριμήνου ενώ αναμένεται ανακοίνωση για το πότε θα γίνει η επόμενη πληρωμή.